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Vegetación y Fauna
La vegetación es en extremo compleja y diferente a la del litoral del Golfo de México. Existe una mezcla de especies halófitas, de vegetación subacuática y de bosque tropical caducifolio, con la influencia de la flora antillana y de la península de Florida. Batllori (s.f.) destaca los siguientes tipos de vegetación:

Duna costera.
Se han registrado 105 de las 226 especies registradas para este tipo de vegetación en el litoral yucateco. Se han diferenciado dos grandes comunidades de vegetación en esta zona: las pioneras y las de matorral; las pioneras se establecen en la zona de duna móvil, en la parte más cercana al mar y contienen especies herbáceas y arbustivas de poca altura, tolerantes a la salinidad, al movimiento de arena y a las mareas altas. Las de matorral se establecen en la zona de dunas internas y fijas; contienen especies menos tolerantes y dominan arbustos o árboles muy ramificados rodeados de claros de vegetación con gramíneas. Las especies más sobresalientes de esta comunidad en general son: Sesuvium portulacastrum, Suaeda linearis, Echites yucatanensis, Coccothrinax readii, Matelea yucatanensis, Exostema caribaeum y Spermacoce confusa.

Manglar.
En la reserva se han diferenciado varios tipos de manglar: manglares de franja marina y de franja lagunar; manglar de salitrales, de cuenca alta, de ciénaga baja y manglares de petén. Entre el 80 y 90 % de la reserva está conformada por este tipo de vegetación, con especies como: Avicennia germinans (mangle negro), Laguncularia racemosa (mangle blanco), Conocarpus erectus (botoncillo), Rhizophora mangle (mangle rojo), y otras especies que cohabitan con los mangles como: Salicornia bigelovi, Batis maritima, Sesuvium portulacastrum y Sporolobus virginicus.
Petenes. Al sur de la reserva, los árboles de los petenes alcanzan la altura de una selva mediana y presentan varios estratos. Las especies más sobresalientes de esta comunidad son: Manilkara zapota, Bursera simaruba, Malvaviscus arboreus y Ficus tecolutlensis.

Tulares y pastizales.

Los tulares son comunidades de agua dulce. La especie dominante es Typha domingensis, pero existen otras como Eleocharis cellulosa y Cladium jamaicensis.
Selva baja caducifolia. La vegetación es arbórea y densa, con alturas que oscilan entre 8 y 12 m. Las trepadoras y epífitas son realmente escasas y sólo se presentan en áreas de mucha humedad atmosférica como son las zonas alrededor de los cenotes. Especies representativas: Thevetia ovata, Ceiba aesculifolia, Guaiacum sanctum y Lemaireocereus griseus. Éste es el tipo de vegetación más afectado por las actividades agropecuarias y desafortunadamente es el ecosistema con menor superficie en la reserva.

Vegetación subacuática.
Está constituida principalmente por Chara fibrosa y Bathophora oerstedi en la porción norte. En la porción centro y sur las especies que sobresalen son Diplantera (Halodule) wrightii, Syringodium filiforme y el alga Chaetomorpha linum, las cuales se encuentran en las márgenes de la laguna formando densas alfombras (Herrera-Silveira, 1988). Cerca de la boca y en aguas litorales el pasto dominante es Thallasia testudinum (Contreras, 1993).
Selvas bajas inundables. Este tipo de vegetación se encuentra en el extremo oriente, en una estrecha franja entre el manglar, los pantanos y las selvas bajas. Las plantas representativas son el pucté (Bucida buceras), el nance (Byrsonima crassifolia), el zapote (Achras zapota) y el palo de tinte (Haematoxylum campechianum).

Fauna

Se conocen 107 especies de peces, 33 de mamíferos, 77 de aves, cinco de reptiles y 104 de malacofauna. Mastofauna. Habitan el área el mono araña (Ateles geoffroyi), el tigrillo (Leopardus wiedii), el ocelote (L. pardalis) y el jaguar (Panthera onca).

Avifauna.
Esta reserva protege una zona de anidación importante del flamenco rosado (Phoenicopterus ruber roseus) y alberga varias especies endémicas o casi endémicas, tales como la matraca yucateca (Campylorhynchus yucatanicus) y el colibrí tijereta (Doricha eliza); de distribución restringida como la codorniz cotuí yucateca (Colinus nigrogularis) y la paloma (Zenaida aurita), la garza blanca (Casmerodius albus), garza rosada (Nycticorax violaceus), el cormorán (Phalacrocorax olivaceus), el pelícano café (Pelecanus occidentalis) y la cigüeña americana (Mycteria americana).

Herpetofauna.

En la reserva existen sitios de anidación para las siguientes especies de tortugas: la carey (Eretmochelys imbricata), la caguama (Caretta caretta) y la tortuga blanca (Chelonia mydas); además de otros reptiles, como: el cocodrilo negro (Crocodylus moreleti), la boa (Boa constrictor), Pseudemys scripta, Chrysemys picta belli, Kinosternon subrubrus. Ictiofauna. Entre otras especies: Fundulus grandissimus, Garmanella pulcra, Cyprinodon variegatus artifrons, Mendia cole, Poecila velifera.

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